Es hätte ja sein können, dass Ihr uns eine super zwei-mal-eine-Woche-Tour vorgeschlagen hättet. Nun bestätigt sich aber mein erster Gedanke: Wir sehen mehr und alles entspannter, wenn wir die zwei Wochen als eine große Runde angehen.
1. Woche
- durch Fife nach St. Andrews --> auf dem Weg schöne Strände, Dörfer, Schlösser, Golf, viel Kultur, je nach Route
- weiter Richtung Arbroath, Forfar, Montrose --> viel piktisches Kulturgut, geniale Strände, Vögel, generell viel Kulturhistorie, je nach Route
- evtl. Abstecher in einen der Great Glens
- über Stonehaven rüber Richtung Westen
- Ballater, Braemar, Pitlorchy, Aberfeldy (hier hat's Natur & Highlands ohne Ende, z.B. Glen Muick oder Linn of Dee mit den dazugehörigen Tälern und Bergen, überall Schlösser, alte Pubs, Loch Tay)
- über Crieff, Stirling nach Glasgow
2. Woche
- über Loch Lomond in's Glencoe
- weiter über Fort William nach Mallaig --> Fähre nach Skye
- retour über Glen Shiel - Fort William - Oban
- zurück nach Edi über Crianlarich und Perth
...vor allem auf Skye, rund um Fort William und Glencoe habt ihr genügend Natur um euch über Wochen abwechslungsreich zu beschäftigen...
Wäre mir zwar immer noch zu stressig, aber gut, ich kenne da ja auch schon so Einiges... 
An jedem der genannten Orte kann man verweilen und viel Zeit vertrödeln und auf dem Weg dorthin noch viel mehr!
(deswegen würde ich das mal nur als grobe Reiseskizze hernehmen)
Und eines noch, bei den klassischen Highlights ist auch immer recht viel Betrieb, auch im Herbst.
Deswegen mein Rat, lieber kleinere Alternativen suchen, dort hat man fast immer seine Ruhe und kann die Atmosphäre voll genießen (was bei den allseits beliebten Hotspots überhaupt nicht mehr möglich ist).